Muzeja misija – veidot muzeju par pieejamu un atvērtu telpu jaunai pieredzei un nozīmīgām sarunām, kur, izmantojot mūsdienīgas izglītības un komunikācijas metodes, saistoši iepazīstināt sabiedrību ar Salaspils novada un Daugavas ielejas kultūras un dabas mantojumu no aizvēstures līdz mūsdienām, iedvesmojot tā laikmetīgai izpratnei, tādējādi nodrošinot tā dzīvotspēju un aktualitāti nākamajām paaudzēm, kā arī veicinot priekšstatu par muzeju kā būtisku kultūras dzīves sastāvdaļu.​

​

Muzeja darbības pamatvērtības ir Salaspils novada un Daugavas ielejas kultūrvēsturiskā mantojuma un zināšanu par to saglabāšana un popularizēšana. 2025. gada 18. septembrī Daugavas muzejs saņēma atkārtotu akreditācijas apliecību, kas ir kā apliecinājums valsts atzītai muzeja darbībai.

Daugavas muzeja vidējā termiņa darbības un attīstības stratēģija 2026.- 2030. gadam skatāma šeit.